福建省野生动物主要属于东洋界动物区系，但由于高海拔 的地方存在着跨地带性气候，所以一些古北界的动物也可以在福建省栖存。据不完全统计，全省各种野生动物有数千种，仅在脊椎动物方面，即有：兽类130种， 占全国四分之一；鸟类540种，占全国二分之一；爬行类115种，占全国三分之一；两栖类44种，山溪鱼类几十种；昆虫类5000种以上，占全国五分之 一。在各种野生动物中，属国家明令保护的珍稀动物有猕猴、大小灵猫、黄腹角雉、红嘴相思鸟等12种。屏南白岩溪一带，每逢秋冬季节，有大量鸳鸯栖息其间， 被誉为“鸳鸯之乡”。
武夷山自然保护区是福建省野生动物资源最为丰富的地区，过去中外生物学家在那里采集过许多珍稀动植物，发现过不少新种，因而以“模式标本采集圣地”闻名于世。